Обычно достаточным считается 4-5 уровней декомпозиции цели: чрезмерное ее дробление приводит к излишнему усложнению организационной структуры программы, а также к необходимости разработки координирующих и контролирующих программ, т. е. к снижению эффективности программно-целевого управления. Число уровней декомпозиции главной цели иногда определяется потенциалом участников программ, их возможностью принять на себя выполнение цели или подцели.

После составления дерева целей руководство программой совместно с участниками разрабатывает альтернативы для достижения целей. Вслед за этим производится составление стратегических и оперативных планов, организуется выполнение работ и контроль за их ходом.

После окончания целевой стадии программы производится разработка ее структуры.

В соответствии с системным подходом на этой стадии необходимо определить ее части, имеющие стратегическое значение, обеспечить взаимосвязь этих частей. Следующим элементом при разработке организационной структуры является построение модели ресурсов для реализации цели: рабочей силы, материально-технической базы, материальных и финансовых средств, информации.

Если декомпозиция целей происходит путем последовательного их расчленения, то построение ресурсного дерева выполняется в обратном порядке: сначала определяются ресурсы для подцелей самого нижнего уровня, затем вышележащего и так далее до главной цели. Как видно из дерева целей, программно-целевое управление осуществляет в основном функции заказчика.

В таком виде его нельзя считать полным, системным.

Этим органам целесообразно передать и функции генподрядчика. Решение этих вопросов: создание постоянных органов программно-целевого управления министерств и ведомств, межотраслевых и межведомственных органов, а также передача функций генподрядчика этим органам является новым как в теории так и практике управления социалистической экономикой.